在最初将焦点放在硅材料之后，玻璃成为构建微流控芯片的材料选择。玻璃是一种非晶材料，光学透明且电绝缘性能好。该材料通常用标准光刻或湿法/干法刻蚀进行处理。除非采用特殊的刻蚀技术，否则刻蚀的玻璃通道将拥有圆形侧壁。
玻璃与硅都具有上述提到的在微流控实验中的优点。但是，玻璃也有其独特的优势：
* 明确的表面化学性质
* 卓越的透光性
* 优越的耐高压性
* 生物相容性
* 化学惰性
* 允许高效涂层
* 玻璃与大多数生物样品相兼容
玻璃微流控芯片不透气，并且具有相对低的非特异性吸附。因此它与生物样品相兼容，但是不能用于长期细胞培养。
汶颢微流控芯片
玻璃微流控芯片的一大主要应用是毛细管电泳（capillary Electrophoresis, CE）。这种更便宜的方法比标准毛细管电泳更方便，因为它更容易执行并行分析，它还可以通过直接利用电渗透流提供无阀注射，在几分钟内分离分析物。
其他典型应用包括片上反应液滴形成、溶液萃取和原位制造。
上述优点使其成为许多应用的首选材料。这种材料的主要障碍仍是其硬度和相对较高的成本，即使价格已经大幅下降。以上限制因素是开发可替代低成本芯片材料的根源，最终目的是可以更容易地进行制造并与更广泛的生物应用相兼容。
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