提出了基于文件系统的星载软件在轨维护方法。该方法采用配置数据与程序代码独立存储的方式实现星载信息流实时在轨重构；采用引导软件、启动配置文件和应用软件相结合的方式，实现软件全功能状态下的整体升级及升级异常情况下的版本回退；采用压缩程序映像和加载后打补丁的方式，减少程序更新时的数据上注量。在某星载计算机平台上对该方法进行了试验验证，结果表明，该方法可对星载信息数据流进行在轨重构，软件异常情况下可进行版本自动回退，补丁上注量少，提升了星载软件在轨维护的效率和可靠性。