针对工程实践中大量分布、因果不清，产生于复杂系统的序列数据，这类序列数据由于生成机制不明或者复杂，无法通过还原论进行分析，同时由于复杂系统的涌现性数据往往波动较大，通过传统的回归等统计学方法往往无法得到有效分析，本文讨论了CUP算法的在序列拟合上的应用，提出了CUP分析的一般过程和方法，并就因果发现、序列模式识别等方面结合仿真实验进行了讨论，并就一般特性的差异比较了常见的因果发现和模式识别方法，对工程实践中的复杂系统背景的序列数据分析有指导作用。