目前我国大多数医疗机构财务系统的信息化进程仍较为落后，其本质原因是由于中小型医院的财务管理系统效率低下、且获取成本较高。针对上述问题，文中设计了基于B/S架构的医疗机构财务管理系统。其基于大数据技术、立足于服务导向，在了解系统决策工作的需求分析的情况下进行软件系统架构。具体的，对医疗机构的多源数据进行采集、清洗和规范化，进而利用标准数据模型（Standard Data Model，SDM）进行整合优化。并利用非关系型数据库MongoDB作为数据存储的方式，为数据分析和挖掘的平台提供支撑，进一步开发基于J2EE的高性能的财务管理系统。文中实现了对财务数据的实时监控和价值挖掘，对提高医疗机构运营水准与效率具有一定的现实意义。