为了能够有效提高船舶组合导航系统的实时性、进度及小型化，就实现了基于PC104的嵌入式船舶组合导航系统的设计。系统使用嵌入式并行的多处理器结构，实现传统计算机平台的创新。首先对系统硬件结构的设计进行全面的介绍，使用光纤陀螺仪与加速度计创建惯性测量单元，使用串口实现GPS模块输出及光纤陀螺仪数字信号的接收。另外实现高精度加速度计传感器数据收集电路的设计，使用FPGA实现PC104处理器和模拟转换器的连接，通过三个模数转换器实现处理器的读入。最后对船舶组合导航系统进行测试，测试结果表示本文所设计的嵌入式船舶组合导航系统能够满足小体积、高精度、低功耗及实施性的需求。